常书鸿回国后并没有获得直接到敦煌的机会。他被徐悲鸿聘为北平艺专教授。一次学人聚会上，他见到了同样痴迷敦煌的建筑学家梁思成。梁思成告诉他，敦煌壁画中有大量失传的唐宋建筑实物和图像资料，他们约定有机会一定去敦煌研究整理。
然而，卢沟桥的炮声震碎了艺术家的敦煌梦。1938年，北平艺专迁往西南。这时，常书鸿的妻子陈芝秀带着女儿沙娜也从法国回来了。国难当头，一家人刚刚团聚，便踏上了漫长的逃亡之旅。
1941年，常书鸿调任教育部美术教育委员会，一家人总算在重庆安顿下来了。
1942年秋天，梁思成来找常书鸿，问他愿不愿意到拟议中的敦煌艺术研究所工作。天哪！这不正是常书鸿多年来梦寐以求的吗？
20世纪40年代常书鸿在洞窟临摹
原来，国民政府监察院院长于右任从敦煌考察回来后提出的议案获得了通过。梁思成第一时间得知这个消息后，就向于右任力荐常书鸿担任所长。
1942年8月，国民政府成立了“国立敦煌艺术研究所筹备委员会”，陕甘宁青新五省监察使高一涵任主任，常书鸿任副主任，张大千、窦景椿等5人任委员。
常书鸿离开重庆时，梁思成送了他四个字 ：“破釜沉舟 !”徐悲鸿送他一句话 ：“要学习玄奘苦行的精神，抱定‘不入虎穴，焉得虎子’的决心。”
从塞纳河畔到北平街头，从山城重庆到河西走廊，常书鸿辗转8年，跨越千山万水，终于来到了魂牵梦绕的敦煌。
站在莫高窟前，看到无数开凿在峭壁上的石窟，看到比伯希和画册精彩万倍的壁画、彩塑，常书鸿感到，他的生命注定要和偏僻荒凉的敦煌联系在一起了。
20世纪40年代，常书鸿、常沙娜和“国立敦煌艺术研究所”职工在宕泉河砸冰取水
常书鸿来到曾经震动世界而今空无所有的藏经洞前，百感交集。敦煌宝藏被劫掠已经过去三四十年了，而这样一个伟大的艺术宝库却仍然得不到最低程度的保护。当时，莫高窟前还放牧着牛羊，洞窟被淘金人当成住房，他们在洞窟里烧火做饭，满壁的唐宋壁画被烟熏火燎。底层的洞窟中流沙堆积，脫落的壁画夹杂在断垣残壁中。在无人管理、无人修缮、无人研究的情况下，敦煌石窟日复一日地遭受着大自然和人为的毁损。常书鸿决定把全家搬来，一辈子守护敦煌，把淹没在风沙里的艺术宝藏挖掘出来，让中国画家重新发现传统，认识到中国艺术的精华在敦煌。
但这次又遭到了陈芝秀的拼命反对。
常沙娜回忆 ：“我妈妈就说，我们刚安顿好了，为什么要去甘肃去敦煌？就住在洞窟里头啊？她跟我说，你爸爸不懂事啊，刚刚安顿下来了，要去住在窑洞里头。我还不信，我就问我们的老师，我说是不是甘肃都住窑洞？他说对啊，甘肃都住窑洞。那时候妈妈已经在重庆生了我弟弟了。我弟弟又小，才两岁，我刚上小学。她说那以后怎么办，我爸爸说那没办法，为了事业我一定要去。”
在常沙娜的记忆中，那些日子爸爸妈妈一直在吵架。后来陈芝秀实在拗不过常书鸿，只好服从了。1943年冬天，他们坐着一辆敞篷卡车，举家迁往敦煌。从重庆到兰州，再到敦煌，整整走了一个多月。
1939年，常书鸿、陈芝秀夫妇和女儿常沙娜在昆明
一路上，一家人受尽了颠簸之苦。常沙娜倒觉得挺好玩，陈芝秀抱着年幼的常嘉陵坐在副驾驶座位上，一路上很沮丧，很少露出笑容。
到了敦煌以后，常书鸿就顺着她说，你是在法国学雕塑的，你一看敦煌彩塑就知道我们该不该来了。果然，到了莫高窟的洞窟里，看了历代的彩塑，陈芝秀也觉得很有价值，就这么安定了下来。
刚到敦煌的第一顿饭给常沙娜留下了终生难忘的印象。
常沙娜说 ：“吃的是什么呢？一碗面。那个面不是长面是短面，切的短面，然后中间是一碗醋，然后一碗大块盐，什么都没有了。我说，爸，菜呢？我爸爸说，今天来不及了，明天给你们吃手抓羊肉。第二天是吃手抓羊肉，但是我爸爸说，你看这里没有菜。后来到了春天，大家吃得最好就是榆树上的榆钱儿，爬到树上把榆钱儿摘下来，洗净拌点面，然后放笼里蒸一下，那就是最好的菜了。”
常书鸿油画《沙娜》
1944年1月，“国立敦煌艺术研究所”正式成立，常书鸿开始了他与敦煌长达50年的守望。
按照于右任院长的提示，常书鸿到莫高窟临摹的第一幅壁画，就是第254窟北魏壁画《萨埵那太子舍身饲虎图》。
壁画讲述了这样一个故事 ：萨埵那太子兄弟三人在森林中游玩，发现一只母老虎刚刚生下七只小老虎，不知为什么掉进一个深谷里出不来了，母老虎产后体力非常弱，没有力气攀爬，七只嗷嗷待哺的小老虎在妈妈身边索乳，可母老虎哪有奶啊？萨埵那太子觉得母老虎马上会饿死，而七只小老虎也性命难保。他问两个哥哥 ：“有没有人愿意从悬崖跳下去，用自己的身体喂老虎？”两个哥哥都觉得弟弟疯了，对他说，如果跳下去，一定被他们吃掉的！萨埵那说： “我今舍身，时已到矣。”说着就从悬崖上奋身跳下，很快被老虎吃掉了。等国王赶到现场时，看到的是一堆吃剩的白骨。
常书鸿临摹莫高窟第254窟《萨埵那太子本生》
中国人民大学艺术学院院长丁方对第254窟壁画推崇备至，他说，这幅壁画有一种震撼人心的表现主义的效果。能看到弥漫在画面上的那种痛苦，那种弥漫在宇宙之间、天地和生灵之间的大痛苦，佛陀是感受到了这种痛苦并愿意为之牺牲，就是这样的一种情怀。
常书鸿用这幅蕴含大无畏牺牲精神的壁画勉励自己，也勉励他的同事们——选择敦煌就是选择了牺牲。
何鸿教授一直在思考这样一个问题 ：当时的莫高窟没有吃的，没有交通，没有经费，但为什么常书鸿他们都留下来了？他依然留在沙漠里面，守着这一片散发着灵光的土地。所以这本身就告诉你 ：他在找。找什么呢？
