861年作为湘军核心领导层中唯一的“外地人”李鸿章愈发受到各方面的排挤，作为李鸿章的老师曾国藩，对于这种排挤也无能为力，毕竟湘军的团结就是靠这种家乡亲缘血脉来维系。
李鸿章
但是人生的转机也是不期而至，当时太平军进攻上海，太平军向上海进军，上海守备清军不能抵抗，外援英军未到，是时曾国藩为两江总督，总督江苏，安徽，浙江，江西四省军务，湘军驻安庆，上海地方官绅派代表向他求援。曾国藩早有用湘军制度练两淮勇丁的计划，就顺水推舟，让自己的学生兼幕僚李鸿章招募淮勇，编练淮军以对太平天国形成东西夹击之势。同时为了淮军更好成军，曾国藩从湘军划拨了13营，共6500人作为淮军班底。到达上海后李鸿章积极利用外军的支援和上海海关税收购置洋枪洋炮，扩编部队。而且淮军虽承袭湘军制度，但训练用洋操，兵器是洋器,并聘有西洋军官为教习，这和当年湘军用土法土器与由书生自任教练者迥然有别，也就使得淮军成为中国军队近代化的开端。至1864年，淮军先与英、法侵略军和常胜军相勾结，在上海附近对抗太平军，继配合湘军在苏、浙等地进攻太平天国。太平天国首都天京(今江苏南京)陷落后，1864年秋冬，淮军经过裁撤，尚存一百零四营，五万余人。
淮军
在1864到1868年，随着曾国藩剿捻失败，湘军逐渐消失在历史舞台，僧格林沁也由于孤军深入在山东菏泽被捻军击杀，这就使得清政府最重要的两支满汉军事武装退出了历史舞台。而在这个时候李鸿章则借剿灭捻军之功安排淮军担负北自天津﹑保定，南迄上海﹑吴淞，南北数千里江海要地的防守。李鸿章以淮军势力为基础，掌握了国家外交﹑军事和经济大权，成为晚清政局中的重要人物。淮军主要将领张树声﹑刘铭传﹑周盛波﹑潘鼎新﹑吴长庆﹑丁汝昌﹑叶志超﹑卫汝贵﹑聂士成等，形成淮系军阀，是统治阶层中一个重要的武装政治集团。成为当时名副其实的国防军。而且这支国防军也取得了许多反对对外侵掠的胜利。包括基隆大捷，1884年10月初，法军进攻台湾基隆，刘铭传诱之陆战，两面夹击，大败法军。告捷后弃城保沪，取得沪尾大捷。1885年，法军得不到给养，被迫撤出。镇海保卫战，1885年3月，法舰队进犯招宝山，时任浙江巡抚的刘秉璋积极备战，镇海炮台守备吴杰奋勇抵抗，法军海军司令孤拔的座舰被击中，孤拔身受重伤，6月11日死于澎湖岛。 镇南关大捷1885年2月，法军进攻谅山，清兵退至镇南关。老将冯子材命王孝祺部驻守西峙，自己扼守镇南关。3月23日，盘踞谅山的法军倾巢出动，扑向镇南关，24日越墙进犯，冯子材率将士猛烈搏斗，将法军击退，并乘胜追击，连破文渊、谅山，将法军逐至郎甲以南，重伤东部法军统帅尼格里。法军陷入困境，茹费理内阁倒台。
但是淮军虽拥有现代化的战备，也取得不少对外战争的胜利，但仍因袭湘军旧制，体制存在不少矛盾与弊端。遇有征伐，军队临时成军，号令不一，只能各自为战。同时也是最重要的就是这支部队的私人属性，清政府内部包括李鸿章本人都将淮军作为自己的私人财产，作为自己在清政府内部安身立命的根本所在，所以在1884年中法战争时，淮军在广西战败，张树声、潘鼎新被革职。1894年中日甲午战争时，淮军将领丁汝昌指挥的北洋水师和叶志超、卫汝贵的陆军都遭到惨败，淮军势力遂逐渐衰落后，当时红极一时的李鸿章也也搁置闲散。在袁世凯的新式陆军产生后，淮军即失去了国防军的地位，变为次要的巡防队。
但是袁世凯在天津小站训练“新建陆军”，广招淮军旧将，成为清末的主力，即是民初北洋军阀的雏形。使得淮军以另一种方式继续存在于国防军中。
相对于湘军，淮军借助后发优势和地理优势在武器装备，训练方式上明显占优，在近代中国历史上留下浓墨重彩的一笔，但是其私有的属性落后的管理模式使其无法帮助清政府继续苟延残喘，让我们记得这支曾经英勇抗争外来侵略的军队。
